利用條件列舉樹於ＤＮＡ微陣列資料中探勘雙向分群之方法

專利類型

發明

專利國別 (專利申請國家)

中華民國

專利申請案號

099102695

專利證號

I 430128

專利獲證名稱

利用條件列舉樹於ＤＮＡ微陣列資料中探勘雙向分群之方法

專利所屬機關 (申請機關)

國立中山大學

獲證日期

2014/03/11

技術說明

雙向分群對於從微陣列資料中找出有用的資訊已經被證明是很有價值的。雙向分群指的是同時對列（如基因）及行（如實驗條件）進行分群。在雙向分群的方法中，有一個稱為pCluster的模組被提了出來。一個pCluster是由一個基因的集合及一個實驗條件的集合所組成的，它所代表的是這些基因的表現值在這些實驗條件下會呈現曲線近似的變化。基於這個模組，大多數之前的方法都需要去對微陣列資料中每兩個基因計算它們的最大維度集（MDS）。然而基因的個數遠大於實驗條件的個數，因此這個計算步驟是沒有效率的。有另一個叫做MicroCluster被提了出來。這個方法不需要去對每兩個基因計算它們的MDS，並把問題轉換成一個圖形的問題。然而，它需要去解決一個叫Maximal Clique的NP-Complete問題。為了避免上面這些缺點，在這篇論文中，我們提出了一個新的方法，叫做條件列舉樹（CE-Tree），來找出pCluster。我們的方法並不會去對每兩個基因計算MDS，而是去對每兩個實驗條件來計算MDS。然後利用這些MDS，我們使用一個特別的“區域廣度優先全域深度優先”生長方法來生成我們的CE-Tree，以便有效率地找出pCluster。我們也利用了傳統雜湊結合的方法來支援我們的CE-Tree。從實驗結果中，我們可以得知我們的CE-Tree方法會比前人提出的方法更有效率。

備註

本部(收文號1060011881)同意該校106年2月17日中產營字第1061400161號函申請終止維護專利

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