檢測口腔癌表觀基因體DNA甲基化基因座標記及檢測口腔癌之存在風險之方法Epigenetic markers of dna methylation locus for detecting oral cancer and a method for detecting the risk of oral cancer

專利類型

發明

專利國別 (專利申請國家)

中華民國

專利申請案號

106117471

專利證號

I 668308

專利獲證名稱

檢測口腔癌表觀基因體DNA甲基化基因座標記及檢測口腔癌之存在風險之方法Epigenetic markers of dna methylation locus for detecting oral cancer and a method for detecting the risk of oral cancer

專利所屬機關 (申請機關)

國立成功大學

獲證日期

2019/08/11

技術說明

口腔鱗狀細胞癌（口腔癌）啟動子CpG島區DNA甲基化常會與腫瘤抑制基因表觀基因體抑制相關；直到目前為止只有非常少數的研究是針對口腔癌病患之全基因序列DNA甲基化差異性研究。口腔癌病患臨床上常會因為鑑別診斷困難或無法事先偵測是否有頸部淋巴解轉移，而遭遇早期診斷困難及是否接受廣泛頸部淋巴切除手術之困境。為了進行全基因序列DNA甲基化差異性研究並應用於早期診斷及偵測是否有頸部淋巴結轉移，我們應用CpG島區DNA甲基化結合蛋白捕捉及新一代基因序列解碼方法 (MBDCap-seq)，研究口腔癌啟動子CpG島區DNA甲基化在有無轉移及正常口腔黏膜間之差異。在口腔癌與正常口腔黏膜間有1462基因區啟動子CpG島區有DNA甲基化之差異被發現；進一部分析有無轉移口腔鱗狀細胞癌間有359基因區啟動子CpG島區有DNA甲基化之差異。以基因互動網絡分析顯示出 23 個基因之次群集網絡出基因之次群集網絡。其中10個基因 (ALK, PTK6, CCDC92, CHL1, NCA1, SLC9A3, F7, TRAF7, HIF3A, TNFRSF10C) 在轉移口腔癌中是甲基化較低的，13個基因(OTX2, ILF2, GAD2, DDX6, HGA2, AQP5, HDGF, DOK5, FGF4, FGF3, CTTN, BF, FGF19) 是甲基化較高的。我們進一步分析及驗證這些基因於口腔鱗狀細胞癌之DNA甲基化，並已建立基因之焦磷酸測序探針，分析完成ALK、PTK6、GAD2基因於口腔鱗狀細胞癌及病患口水DNA之啓動子CpG島區DNA甲基化焦磷酸測序之差異性，及相對腫瘤細胞中表現之關係。發現ALK、PTK6具有致癌基因的傾向以及GAD2之抑癌基因之特性。將來希望以 MethyLight 檢測技術開發可運用於臨床之快速、準確檢驗方法，以期能用於早期診斷及偵測口腔癌，進而造福口腔鱗狀細胞癌病患。 DNA hypermethylation of promoter CpG islands is frequently associated with oral squamous cell carcinomas. To globally identify loci susceptible to this epigenetic change and application as epigenetic biomarker for early diagnosis, we used MBDCap-seq, to survey DNA methylation patterns in OSCCs with and without lymph node metastasis and normal mucosa samples. Interactive network analysis revealed a subset of these loci (n=23). Ten loci were hypomethylated, and thirteen loci were hpermethylated. We have established the pyrosequencing probes and analyzed the DNA methylation differences of promoter CpG islands of ALK, PTK6, GAD2 genes in tissue and saliva of patient with OSCC; and the relationship between the relative performance of the tumor cells. We found that ALK and PTK6 tend the characteristic of oncogenes while GAD2 have the properties of tumor suppressor genes. We hope the clinical application of these biomarker and development of rapid laboratory procedures.

備註

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