CPSARST-高效能蛋白質環形序列重組搜尋比對工具

專利類型

發明

專利國別 (專利申請國家)

中華民國

專利申請案號

097127490

專利證號

I 356103

專利獲證名稱

CPSARST-高效能蛋白質環形序列重組搜尋比對工具

專利所屬機關 (申請機關)

國立清華大學

獲證日期

2012/01/11

技術說明

　　本發明提出一項有效地偵測環形序列重組之方法，該方法包括下列步驟 (a)係將一欲比對之蛋白質結構執行一演算法得到第一個代碼字串，其中演算法係指將蛋白質三級結構轉換為一級序列的拉馬銓德朗氏演算法； (b)重複步驟(a)之第一個代碼字串得到第二個代碼字串； (c)將第一個及第二個代碼字串與一已知字串進行比對，求得字串之相似度計分 (Simularity Score) 數值及期望值 (E值)；以及 (d)當相似度計分DL/相似度計分NL＞1，和–log10(E值DL/E值NL)＞–0.5時，即為環形序列重組情形產生之序列。 　　本發明還可進一步找出序列重組的位置，其方法包括： (i)當環形序列重組發生時，第二個拉馬銓德朗氏碼結構字串與已知字串比對後會出現一最佳區間；其中最佳區間介於第二個拉馬銓德朗氏碼結構字串的q1及q2區間；而介於已知字串的s1至s2區間；以及 (ii)決定重組的位置為q1–s1+1。 The subject invention provides a method for determination of circular permutation between two proteins, which comprises the steps of (a) transforming the query protein structure into the first code string, especially indicating the method to converting 3D information to 1D information; (b) duplicating the previous code string to get the second code string; (c) calculating the scoring value wherein each scoring value stands for how well the codes are aligned and E-value; and (d) determining the circular permutation when the ScoreDL is higher than the ScoreNL and the –log10 value of the E-value ratio is larger than –0.5. This invention further provides a method to postulate where the permutation site is, which includes (i) in the best local alignment, the fragment between residues q1 and q2 of the second code string is aligned to the fragment between residues s1 and s2 of known code string, and (ii) the permutation site of the second code string will be traced back to q1–s1+1.

備註

本會(收文號1120045669)同意該校112年7月13日清智財字第1129005239號函申請終止維護專利(國立清華大學)

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